生化工程研究室
Biochemical Engineering Lab 主要研究方向：
1.細菌纖維素之醱酵生產 – 生物高分子，應用於食品業、生技業 2.美白成分之醱酵生產 – 應用於化妝品業 3.生物製劑之醱酵生產 – 應用於農、工業之生物製劑 4.酵素固定化技術之開發 – 廣泛應用
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農業生技研究室
Agricultural Biotechnology Lab 主要研究方向：
1.功能性基因分析：以轉殖植物分析基因與啟動子之功能 2.植物基因轉殖：建立植物基因轉殖系統 3.植物組織培養：以植物細胞全能性再生及繁殖植物 4.植物分子標誌：建立植物分子標誌及親源分析
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細胞應用研究室
Applied Cell Culture Lab 著重於動物細胞量產技術及其應用，研究方向：以教學與產業需求為主軸，包括細胞量產培養、疫苗生產之技術應用、抗病毒物質與保健食品研究，開發產業可利用之技術造福人類。
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藻類生技研究室
Algal Biotechnology Lab 本研究室主要以「微藻基因轉殖系統之開發與應用、微藻生質能源生產之開發、微藻的培養技術與優良藻種的篩選、生技化妝品開發」為研究方向。
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生化藥理研究室
Biochemical Pharmacology Lab 主要研究重點：(1)應用螢光即時細胞活性測定技術及生化免疫檢測分析探討細胞蛋白調控及位移變化與細胞癌化及分化作用機制 (2)應用細胞生化藥理檢測及流式細胞檢測技術探討生物活性藥物誘發ROS暨訊息路徑與細胞凋亡之作用機制
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綠色水產殖養研究室
Green Aquaculture Lab 以綠色製程開發觀賞魚蝦的殖養技術，綠色工程科技應用於水產養殖，是跨領域的科技。綠色工程科技的發展日趨成熟，機、電、控制和資訊等傳統工程技術日益成為一般大眾能夠直接運用的科技工具。
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醱酵量產室
Fermentation Room 本實驗室以工業上常用之應用微生物為主體，進行實務技能教學，使同學瞭解生技產業之中、下游製造流程。內容從微生物之培養基測試開始，進入生技產業之醱酵單元。
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天然植物應用研究室
Applied Nature Platnes Lab 以綠色工法萃取天然物活性成份應用產品技術，具生理活性天然物活性成分分離研究，抗氧化、美白、調節血糖、抗過敏、抗癌、抗病毒等活性成分篩選，中草藥品質管制方法開發。
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